Funchal wykazuje nadzwyczaj złożony system mikroklimatu ze względu na swoją unikalną pozycję w naturalnym amfiteatrze utworzonym przez góry wulkaniczne sięgające 1.862m wysokości. Miasto jest podzielone na 7 różnych stref mikroklimatycznych: Wybrzeże (0-50m wysokość, 19-25°C średnie roczne, opady 550mm), Strefa Niska (50-200m, 18-24°C, 650mm), Strefa Średnio-Niska (200-400m, 17-23°C, 750mm), Strefa Średnia (400-600m, 16-22°C, 900mm), Strefa Średnio-Wysoka (600-800m, 15-20°C, 1.100mm), Strefa Wysoka (800-1.000m, 14-19°C, 1.300mm), i Strefa Górska (>1.000m, 12-17°C, >1.500mm). Ta stratyfikacja termiczna tworzy różnice temperatur do 8-12°C między niżej położonym Funchal a okolicznymi szczytami, zjawisko nieprzerwanie dokumentowane przez nasze stacje pogodowe rozmieszczone w całym regionie.
Efekt "Föhn" jest szczególnie wyraźny w Funchal, zwłaszcza podczas zjawisk wiatru wschodniego (Lestada). Kiedy wilgotne masy powietrza napotykają barierę górską wyspy, wznoszą się orograficznie, ochładzają adiabatycznie (0,6°C na 100m), kondensują na północnym stoku (tworząc chmury i opady), a następnie opadają południowym stokiem jako suche i ogrzane powietrze. To zjawisko może podnieść temperatury w Funchal o 6-10°C powyżej sezonowych norm, z porywami wiatru mogącymi przekroczyć 80 km/h. Podczas tych zdarzeń wilgotność względna może gwałtownie spaść z 75-80% do 25-35%, tworząc warunki ekstremalnej suchości. Nasze stacje pogodowe zarejestrowały rekordowe temperatury 38,2°C podczas zdarzenia Lestada w sierpniu 2016, kontrastując z jednoczesnym 19,8°C zarejestrowanym w Encumeada (1.007m), zaledwie 15km odległości.