Funchal vykazuje mimořádně složitý systém mikroklimat vzhledem ke své jedinečné pozici v přírodním amfiteátru tvořeném vulkanickými horami dosahujícími 1.862m nadmořské výšky. Město je rozděleno do 7 různých mikroklimatických zón: Pobřeží (0-50m nadmořská výška, 19-25°C roční průměry, srážky 550mm), Nízká zóna (50-200m, 18-24°C, 650mm), Středně-nízká zóna (200-400m, 17-23°C, 750mm), Střední zóna (400-600m, 16-22°C, 900mm), Středně-vysoká zóna (600-800m, 15-20°C, 1.100mm), Vysoká zóna (800-1.000m, 14-19°C, 1.300mm), a Horská zóna (>1.000m, 12-17°C, >1.500mm). Tato tepelná stratifikace vytváří teplotní rozdíly až 8-12°C mezi níže položeným Funchalem a okolními vrcholy, jev kontinuálně dokumentovaný našimi meteorologickými stanicemi rozmístěnými v celém regionu.
Efekt "Föhn" je v Funchalu obzvlášť výrazný, zejména během událostí východního větru (Lestada). Když vlhké vzdušné hmoty narazí na horskou bariéru ostrova, stoupají orograficky, ochlazují adiabaticky (0,6°C na 100m), kondenzují na severním svahu (vytvářejíce mraky a srážky), a poté sestupují jižním svahem jako suchý a zahřátý vzduch. Tento jev může zvýšit teploty ve Funchalu o 6-10°C nad sezónní normály, s poryvy větru, které mohou překročit 80 km/h. Během těchto událostí může relativní vlhkost prudce klesnout ze 75-80% na 25-35%, vytvářejíc podmínky extrémní sucha. Naše meteorologické stanice zaznamenaly rekordní teploty 38,2°C během události Lestada v srpnu 2016, kontrastujíc se současnými 19,8°C zaznamenanými v Encumeada (1.007m), pouhých 15km vzdálenosti.